日基教団京都教区（井上勇一議長）など７教区は1995年に改定された宗教法人法の一部規定が信教の自由を保障する憲法に違反する、として「再改定」を求める要望書を７月３日、下村博文文部科学大臣に提出した。中外日報が報じた。

　日基教団は同法改定に当たって、所轄庁の監督強化につながる、として教団総会議長名で反対を表明。1999年にも教団の専門委員会がその立場を再確認した。以後、京都教区が中心となって、教団中枢とは認識の差をもちつつ同法改定問題に取り組んできた。

　要望書は改定宗教法人法が提出を義務付ける宗教法人備付け書類によって所轄庁が宗教法人を監督、指導することは、信教の自由・政教分離の原則に明らかに反する、と批判。備付け書類の利害関係人閲覧権、所轄庁提出義務化などを定める同法第25条３～５項の削除を要求している。

　その中で、同法改定のきっかけとなったとされるオウム真理教事件の問題にも触れ、宗教法人の違法行為は国民一般に適用される刑法・民法で対応すべきものであって、宗教法人の違法行為だけを想定した新たな規制、所轄庁の権限賦与が誤りであると強調。改定法施行後17年以上経過したにもかかわらず、書類提出率は年々低下し、不提出法人に対する罰則適用の実態にも疑問があるとし、書類提出義務化は凶悪事件再発防止や不活動法人把握といった「目的」に対する実効性がない、と述べている。
　京都キリスト教協議会に加盟する諸教派・教会にも要望書への賛同を呼びかけている。