「共謀罪」の趣旨を盛り込んだ改正組織犯罪処罰法が６月15日、参議院本会議で可決・成立した。これを受けて同日、日本基督教団（石橋秀雄総会議長）、日本バプテスト連盟理事会（田口昭典理事長）、カンバーランド長老キリスト教会日本中会神学・社会委員会（菅原公一委員長）、日本宗教者平和協議会（荒川庸生理事長）が相次いで抗議・反対の声明を発表。日本ホーリネス教団（島津吉成委員長）と基督兄弟団（小平牧生理事長）も連名で抗議声明を発表した。

同法が公布された21日には、「宗教者九条の和」（事務局＝日本山妙法寺内）が廃止を求める声明を発表した。

これらの声明は、疑義が残る状態で強行採決が行われたことや、同法がプライバシー権の侵害にあたることなどを指摘。第二次世界大戦中の宗教団体への弾圧を例に、捜査機関による恣意的運用がなされる可能性があることを指摘し、抗議・反対を表明している。

法案審議中の12日には、浅野献一氏（日本基督室町教会牧師）、今給黎真弓氏（日本バプテスト連盟豊中バプテスト教会牧師）、清川泰司氏（日本カトリック正義と平和協議会大阪教区担当司祭）ら関西在住の宗教者27人が呼び掛け人となり、「共謀罪に反対する緊急声明」を発表。団体・個人を合わせ、584人が同日賛同を表明した。賛同者は19日時点で717人となった。

青木有加氏（日本同盟基督教団信徒、弁護士）、朝岡勝氏（日本同盟基督教団徳丸町キリスト教会牧師）、安海和宣氏（ビサイドチャーチ東京牧師）らキリスト者有志45人も８日に反対声明を発表。賛同者は14日現在で985人にのぼった。

他にも、日本キリスト教会人権委員会（古賀清敬委員長）、日本同盟基督教団社会局（山口陽一局長）・同「教会と国家」委員会（柴田智悦委員長）、日本福音同盟社会委員会（上中栄委員長）、日本キリスト改革派教会（小峯明大会議長）が抗議・反対の声明を発表している。

海外からも懸念の声があがっている。６月19日には韓国キリスト教教会協議会（NCCK）正義・平和委員会（ナム・ジェヨン委員長）が日本キリスト教協議会都市・農村宣教委員会（NCCJ-URM、原田光雄委員長）を通じて書簡を発信。韓国でもテロ防止法成立によって民主主義の基本的価値が毀損されたとし、日韓両国の自由と平和のために連帯していくことを誓った。