日基教団は各教区で教区総会を開催した。

北海教区（久世そらち総会議長）
５月２～３日、第77回定期総会を開催し、牧師不在教会の礼拝支援やアイヌ民族の権利回復運動の推進などを採択。同総会の決議に基づき６月26日、「テロ等組織犯罪準備罪」制定への抗議声明と、天皇の代替わりにともなう即位儀式に際して大嘗祭を国の行事として行わないことを要請する文書を発表した。

奥羽教区（邑原宗男総会議長）
５月23～24日、第72回定期総会を開催し、機構改革による削減予算や「テロ等準備罪」の新設への反対声明文を採択した。６月19日には「改正組織的犯罪処罰法（共謀罪）可決に抗議し、同法の廃止を求める声明」を発表した。

東北教区（小西望総会議長）
５月23～24日、第72回定期総会を開催し、東日本大震災の教団救援対策本部解散を受け、教区内では2019年3月までの支援継続を確認。「共謀罪強行採決に抗議する緊急声明」を採択した。

関東教区（秋山徹総会議長）
５月30～31日、第67回定期総会を開催し、「災害対応支援委員会」の設置や「熊本・大分地震」被災支援、「共謀罪の創設に反対する件」などを採択。また新議長に東野尚志氏を選出した。

東京教区（岸俊彦総会議長）
５月30日、第76回定期総会を開催し、議長選挙によって岸総会議長が再選。また前年度決算報告の承認と今年度予算案を採択した。

西東京教区（真壁巌総会議長）
５月28～29日、第36回定期総会を開催し、「立川からしだね伝道所」の土地・建物の取得を報告。また新議長に願念望氏を選出した。

中部教区（横山良樹総会議長）
５月23～24日、第67回定期総会を開催し、「教師の生活を支える自主献金」についての議案を検討。これを「中部教区互助制度を支える自主献金」と名称変更し、採択した。

東海教区（松木田博総会議長）
５月23～24日、第101回定期総会を開催し、「東海教区五カ年計画」の２年目の主題「福音を正しく宣べ伝える教会」について原案修正を行い採択。また選挙によって新議長に宮本義弘氏を選出した。

京都教区（入治彦総会議長）
５月22～23日、第81回定期総会を開催し、石橋秀雄教団議長出席のもと「教団宣教基礎理論改訂案・教団の今後を巡って」をテーマに協議。また市民有志と共同運営する「バザールカフェ」の活動報告を受けた。

大阪教区（小笠原純総会議長）
５月３～４日、第62回定期総会を開催し、教団伝道資金を申請しない予算案の作成、教団信仰告白の審議継続を報告。また北村慈郎教師に対する戒規適用が無効だと確認する声明を採択した。

兵庫教区（大仁田拓朗総会議長）
５月21～22日、第71回定期総会を開催し、負担金未納教会問題を協議。また「『テロ等準備罪（共謀罪）』新設法案に反対する件」を採択した。

東中国教区（嵐護総会議長）
５月29日、第66回定期総会を開催し、「『共謀罪』と実質的に変わらない、いわゆる『テロ等準備罪』を創設する組織的犯罪処罰法等改正法案の強行採決への抗議と、同法案の廃案要求に関する件」を採択。また新議長に大塚忍氏を選出した。

西中国教区（小畑太作総会議長）
５月16～17日、第66回定期総会を開催し、教区機構改正提案の延期や岩国基地問題、中長期財政計画を報告。また議員提案で教区内で起こった性差別的な表現を受け止め、具体的な取り組みを行う議案を修正後採択した。

四国教区（黒田若雄総会議長）
４月28～29日、第75回定期総会を開催し、教会会計と教師謝儀について協議。教師謝儀規定について原案への意見を求め、変更を議論しつつ18年度総会で諮ることを決めた。

九州教区（梅崎浩二総会議）
５月２～４日、第67回定期総会を開催し、熊本・大分地震への対応と現状を報告。「被災教会を除き、信徒は１日、30円以上。教師は全収入の１％を献げる」議案を採択した。

沖縄教区（平良修総会議長）
５月28～29日、第77回定期総会を開催し、那覇相愛伝道所の開設を報告。また教区の方向性をめぐり学習協議会を開催した。