日本バプテスト連盟（田口昭典理事長）は理事会を開催し９月６日、オウム真理教幹部の死刑執行に対する抗議声明を安倍晋三首相と川上陽子法務大臣宛てで発表。1993年の定期総会で採択された「死刑廃止を求める決義」を引用し、「国家が殺人を悪とする立場に立ちながら戦争と死刑において殺人を合法的に認めるという誤りを私たちは許すことが出来ません」と訴えた。その上で、同連盟は現在も死刑反対の立場を堅持しているとして、今回の死刑執行に強い抗議の意思を表明した。