日本同盟基督教団「教会と国家」委員会（柴田智悦委員長）は１月６日に「靖国神社秋季例大祭への真榊奉納等に対する抗議声明」を、２月３日には「首相の伊勢神宮参拝に対する抗議声明」を発表した。

　前者は昨年10月17日、靖国神社の秋季例大祭に合わせて安倍晋三首相、大島理森衆議院議長、加藤勝信厚生労働相が真榊を奉納し、衛藤晟一沖縄北方担当相、高市早苗総務相、および「みんなで靖国神社に参拝する国会議員の会」の衆参議員98人が参拝したことに抗議したもの。「真榊」は神事における祭具としての供え物であり、参拝は「慰霊」という自覚的な宗教行為であるとし、政教分離原則違反だと指摘した。

　後者は１月６日に安倍首相が閣僚らと伊勢神宮を参拝したことに抗議したもの。神道の中心的施設であり天皇の祖先を祀る伊勢神宮への首相らの参拝は、公務における仕事始めとして参拝したことに等しく、国の機関による宗教的活動だと指摘。憲法の基本理念を逸脱していると訴えた。