儒教の祖である孔子を祭る孔子廟（びょう）のために那覇市が公園敷地を無償提供していることは政教分離を定めた憲法に違反すると判断した２月２４日の最高裁判決を受けて、日本バプテスト連盟靖国神社問題特別委員会は３月１１日に声明を発表した。

　声明では、孔子廟が宗教施設であることを明確に認定した点や、信教の自由の保障の確保という政教分離原則の制度の根本目的にさかのぼって違憲判決を行っている点などを評価。一方、「判断過程において、宗教的マイノリティーではなく、『一般人』、『社会通念』、日本の『社会的・文化的諸条件』等のマジョリティーを基準とする要素を用いている点で、信教の自由の本質を見誤っている」と述べた。